温室大棚西瓜早春育苗期间瓜苗受低温冷害容易出现不长真叶的“无头苗”，特别是在没有电热线加温的大棚内更容易出现。棚内温度低时，棚膜上滴下的水落到瓜苗上，特别容易造成“无头苗”。受害苗子叶叶尖通常会发黄，并向里凹陷。前段时间江苏等地气温变化大，忽冷忽热，低温期极端最低温度低，温度管理不当时可能引发“无头苗”。如果“无头苗”是由低温冷害造成的，通过加强管理，以后能从叶腋长出新芽，恢复生长，只是生育期和西瓜上市期会推迟。
使用质量较差的种子如陈种子，形成的苗生长势弱，抵抗力差，在温度低的情况下更容易出现“无头苗”现象。质量差的种子往往出苗速度慢，出苗不整齐，出苗率较低。如果种子在适宜的条件下出苗快而整齐，后来才出现“无头苗”则基本可以排除种子质量问题。
在育苗期使用除草剂，挥发出的药物溶入棚膜上的水滴中，滴落到幼苗上，或者育苗有莠去津等除草剂残留，也容易导致“无头苗”的产生。生产上进行西瓜育苗时，通常对除草剂残留十分重视，棚室加温育苗时一般不使用除草剂，因此瓜苗因受除草剂药害而形成“无头苗”的可能性极小。
如果“无头苗”上没有病斑等其他明显的病症，可以排除致病微生物引发病害的可能。
