许多害虫、病菌在紫花苜蓿的地表残茬上越冬，秋、冬季进行灭茬处理，会消灭大量的病虫害原体，减少次年初侵染源。
进行有针对性的放牧，牲畜会将大量苜蓿残茬及杂草吃掉，也就会将害虫、病菌吃掉、消灭、外携。但有一些种类的害虫虫卵、病菌在牲畜肠胃中能够继续生存，随着粪便留在田里，成为次年的病虫害初侵染源。
机械耙耱将残茬破碎、掩埋，改变残茬对病虫害形成的原有生存条件，达到消灭目的。此种方法处理后，残茬依然留在田间，消灭作用有限，要结合其它防治措施共同使用。
焚烧是彻底有效的方式，对残茬上的病虫害原体杀灭率几乎是百分之百，同时很经济。但要注意防火，许多情况下不适用。
灌溉能恶化病虫害的生活条件，抑制或杀死病虫害原体，尤其是冬季灌溉的效果更为明显。同时，冬季灌溉有利于苜蓿越冬和翌年返青。
秋季收割后至次年返青生长有着相当长的一段时期，在此期间使用农药，既能有效地杀灭各类病虫害，又能最大限度地减少次年紫花苜蓿产品中的农药残留量，是一个较佳的农药使用期，但需要注意低温对药效的影响和农药对有益生物的作用。
灭茬在晚秋、冬季和早春均可，但要根据实际情况灵活运用，不能影响苜蓿休眠前的营养累积和春季返青。
