《条例》共分七章四十三条，主要从湖泊保护的原则和管理体制、湖泊保护规划、水资源和水域保护、湖泊生态保护与修复、湖泊合理利用等方面，规范湖泊的保护、管理和利用活动。
《条例》规定了湖泊保护的原则和管理体制。《条例》明确，湖泊保护将遵循科学规划、保护优先、统筹兼顾、合理利用的原则，实行政府统一领导、部门分工实施保护的体制。县级以上人民政府水行政主管部门依法负责本行政区域内湖泊的保护和管理工作。发展改革、财政、环境保护、交通运输、住房和城乡建设、国土资源、农业、林业等部门按照各自职责分别做好相关工作。同时，《条例》规定，法律、法规对水利部流域管理机构的湖泊保护和与管理职责另有规定的，从其规定。
《条例》确定湖泊保护实行名录制度。《条例》规定，南四湖(南阳湖、独山湖、昭阳湖、微山湖)、东平湖和其他常年水面面积在0.5平方公里以上的湖泊以及具有特殊功能的湖泊，纳入湖泊保护名录。水库加挂湖泊名称的，有管辖权的水行政主管部门应当报上一级人民政府水行政主管部门同意;同时，对纳入湖泊保护名录的，按照条例的规定执行。
《条例》确定实行湖泊保护规划制度。《条例》明确了湖泊保护规划及专项规划的编制和审批程序、规划编制内容及规划的法律地位等，规定湖泊保护规划和专项规划是湖泊保护、管理和利用的依据，一经批准必须严格执行。同时，明确了湖泊保护范围的划定标准和具体划定主体。
《条例》规定了湖泊水量分配方案。《条例》明确县级以上人民政府水行政主管部门应当根据管理权限制定湖泊水量分配方案。南四湖、东平湖的水量分配方案，由省水行政主管部门商相关设区的市人民政府依法制订，报省人民政府批准后实施。
《条例》特别强调加大对水资源和湖泊生态保护力度。《条例》规定，省人民政府和设区的市人民政府应当通过财政转移支付等方式，建立健全湖泊生态保护补偿机制，具体办法由省人民政府制定;同时，对湖泊保护范围内设置排污口、从事水产养殖、房地产开发、旅游资源开发等活动进行了规范。
据悉，山东省水利厅作为水行政主管部门将积极协调有关部门和单位，认真组织拟定湖泊保护名录和湖泊保护规划编制等基础性工作，组织做好《条例》贯彻实施的各项准备工作，并将通过广播电视、报纸等主流媒体加大社会宣传力度，凝聚社会各方力量，加大湖泊生态修复和水资源保护力度，为经济社会可持续发展做出新贡献。
